Santé | 24 avril 2020

« Le Covid-19, résultat d’une lente mutation après de multiples passages entre l'homme et l'animal »

De Francis Mateo
min

Membre de la Société Espagnole de Virologie, le Docteur Josep Quer Sivila a réalisé deux séquençages complets du virus SARS-CoV-2 avec son équipe de l'unité de recherche de l'hôpital du Vall d'Hebron (Barcelone). Une segmentation complète du génome qui permet d'en savoir davantage sur le Covid-19, ses origines et son évolution. Interview.

 

GGN : Qu’est-ce que le séquençage nous apprend sur l'origine du virus ?

Dr. Josep Quer Sivila : Si l'on examine l'ensemble de la séquence du SARS-CoV-2, on s'aperçoit d'abord que ce virus a 96 % de coïncidences avec le coronavirus de la chauve-souris, connu scientifiquement sous le nom de RaT-G13. Mais il y a un élément très curieux sur la partie supérieure des pointes de cette couronne dont la forme donne le nom au virus, c'est à dire la partie grâce à laquelle le SARS-CoV-2 s'attache à son récepteur. C'est en quelque sorte la « clé » du virus pour contaminer les cellules. Et bien cette partie-là coïncide à 90% avec le coronavirus du pangolin. C'est le résultat de mutations qui étaient totalement imprévisibles, et nul ne pouvait penser que ces mutations donneraient ces affinités entre le virus et la cellule. Il y a une autre caractéristique surprenante : lorsque cette « pointe » du coronavirus entre en contact avec la superficie de la cellule, la protéine se fend pour libérer une protéase qui va permettre de fusionner les deux membranes, à partir de quatre acides animés dont personne ne sait comment ils sont apparus.

GGN : Ce sont des mutations qui peuvent avoir été créées en laboratoire ?

Dr. Josep Quer Sivila :  C'est impossible ! Je le répète : cette combinaison est absolument imprévisible. En plus, il aurait fallu disposer de souches de ce virus pour le cultiver en laboratoire et le manipuler génétiquement. Or, personne ne disposait de cette culture, ni les Chinois, ni les Russes, ni les Américains... On peut élaborer les théories les plus farfelues, mais la plus grande probabilité, c’est que ce virus est le résultat d'une lente et longue mutation, après de multiples passages entre l'homme et l’animal.

GGN : Mais le virus contient-il des traces du VIH ?

Dr. Josep Quer Sivila :  Non, il n'y aucune preuve de la présence du VIH dans l'ARN du SARS-CoV-2 ! Même si l'on trouve des protéases qui ont des fonctions identiques à celles du virus du sida. C’est pour cela qu'on teste aujourd'hui les antiviraux utilisés pour le traitement du sida, entre autres. Mais c'est pour lutter contre les fonctions d’une protéase identique à celle du VIH. J'insiste : c'est la fonction qui est identique, pas la protéase.

GGN : Que sait-on de l’évolution du virus depuis son apparition ?

Dr. Josep Quer Sivila : Si l'on compare avec les séquences originales de Wuhan, au tout début de la pandémie, on constate que le virus a très peu muté. On peut d’ailleurs suivre cette évolution sur le site Gisaid.org, avec un arbre phylogénétique qui synthétise tous les travaux de séquençage. On y voit comment le virus change légèrement au fur et à mesure de son expansion. Mais c'est un virus neuf, et cela ne nous dit rien sur la possibilité de mutation dans les prochains mois ou les prochaines années. Si l'on prend l'exemple des deux derniers coronavirus apparus : le SARS a disparu parce que la transmission entre humains était difficile ; le MERS-CoV était déjà plus contagieux, mais pas autant que le SARS-CoV-2, qui présente une grande affinité avec les cellules alvéolaires du poumon, ce qui facilite donc beaucoup de transmission.

« Il faut porter des masques »

GGN : La température peut-elle avoir un effet ?

Dr. Josep Quer Sivila : Il est impossible de le prévoir. Ce que l'on constate, c'est qu'il y a moins de transmissions dans les zones les plus chaudes. En Espagne, par exemple, en observe que le virus s'est considérablement moins transmis en Andalousie. Mais au-delà du constat, personne ne sait expliquer la raison de ces différences de transmissions.

GGN : Quelles sont les solutions thérapeutiques à ce jour ?

Dr. Josep Quer Sivila : Il faut d'abord dire que le confinement a joué jusqu'ici son rôle de « coupe-feu ». Pour l'heure, à défaut de vaccin, on dispose surtout de traitements pour diminuer la quantité de récepteurs, comme c'est le cas avec l'Hydroxychloroquine, particulièrement adaptée à des patients en tout début d'infection. C'est un traitement qui sert à diminuer la charge virale pour que le système immunitaire puisse éliminer le virus plus facilement. La notion de charge virale est très importante, parce que ce n'est pas la même chose que de s'infecter avec une centaine de particules qu'avec des millions. Et c'est pour cela qu'il faut porter des masques, même s'ils ne protègent pas totalement, car ils réduisent sensiblement la charge virale. Il sera plus facile d'éliminer une petite quantité de particules plutôt que de lutter contre une entrée massive de virus.

GGN : Dans combien de temps peut-on espérer un vaccin ?

Dr. Josep Quer Sivila :  Normalement il faut deux, cinq, voire dix ans pour mettre au point un vaccin... et encore, il y a certaines maladies contre lesquelles on n'a jamais trouvé de vaccin, comme le sida ou l'hépatite C. L'espoir, c'est qu'il y a actuellement une très grande quantité de travaux ciblés sur le Covid-19, donc la recherche s'accélère de manière spectaculaire. Mais il faudra ensuite passer aux tests cliniques et aux analyses (l’Allemagne s’apprête à réaliser ses premiers essais cliniques, ndlr). Il faudra alors compter entre 18 et 24 mois. D'ici là, reste à savoir comment se consolidera l'immunité de groupe ; une personne qui a eu le SARS-CoV-2 développe des anticorps neutralisants, donc cette personne est immunisée et ne peut plus transmettre le coronavirus, a priori. Mais comme nous avons affaire à un nouveau virus, cela aussi reste à démontrer.

 

25/04/2020 - Toute reproduction interdite


Dr. Josep Quer Sivila
DR
De Francis Mateo

À découvrir

ABONNEMENT

Offre promotionnelle

À partir de 4€/mois Profitez de l’offre de lancement.

Je m’abonne
Newsletter

Inscrivez-vous à la newsletter fild

Recevez l'essentiel de l'info issue du terrain directement dans votre boîte mail.

Je m'inscris
Faites un don

Soutenez fild, média de terrain, libre et indépendant.

Nos reporters prennent des risques pour vous informer. Pour nous permettre de travailler en toute indépendance,

Faire un don